Squadra Antimafia 6 - quest'anno suddivisa in dieci puntate - partirà con un salto temporale di cinque mesi rispetto ai fatti narrati nella scorsa stagione. Nel finale della precedente annata la battaglia tra il clan di Oreste Ferro (Luigi Diberti), alleatosi con Rosy Abate (Giulia Michelini) e Dante Mezzanotte (Andrea Sartoretti), e quello di suo figlio Achille (Francesco Montanari) e Veronica Colombo (Valentina Carnelutti) si era conclusa con un grande spargimento di sangue e persero la vita gli stessi Oreste, Achille e Dante. Veronica - sorella del vicequestore Laura Colombo (Ana Caterina Morariu) - era stata invece arrestata per concorso in associazione mafiosa mentre Rosy - avendo perso completamente il lume della ragione a seguito della morte di suo figlio Leonardino (Christian Monaldi) - veniva nuovamente ricoverata in un ospedale psichiatrico. Africaniets (alleato di Veronica e capo di un cartello della mafia russa) era riuscito inoltre a lasciare l'Italia ma, tramite un'informativa dell'Interpol che segnalava la sua presenza in Montenegro, Domenico "Mimmo" Calcaterra (Marco Bocci) e i suoi uomini avevano ricevuto una foto dove il mafioso veniva immortalato in compagnia di un uomo che somigliava all'ex agente segreto Filippo De Silva (Paolo Pierobon). Ma quest'ultimo non era morto salvando la vita allo stesso Mimmo nel finale della quarta stagione?
Da queste premesse partirà dunque la nuova stagione di Squadra Antimafia. Passato del tempo da quegli avvenimenti, Mimmo sarà in trasferta in Montenegro per cercare di trovare Africaniets ma - durante il blitz per arrestarlo e poterlo così interrogare - dovrà fare i conti con un nuovo scenario: l'uomo e i suoi complici sono morti e il killer che li ha appena uccisi sarà in procinto di scappare; tutavia Calcaterra, pur tra le fiamme di un incendio, riuscirà a riconoscere in lui la persona di De Silva. Africaniets però, prima di esalare l'ultimo respiro, è riuscito a scrivere col sangue un messaggio in alfabeto cirillico: Crisalide. Avviate le indagini verrà fuori, ben presto, che la parola era un codice tattico utilizzato dal SISMI alla fine degli anni '80 ma i tentativi di appurare maggiormente l'origine dello stesso si scontreranno con la volontà dei servizi segreti, non disposti a concedere alcun tipo di informazione su Crisalide. E così nella mente di Domenico inizierà a balenare un'ipotesi: e se il codice fosse stato creato da un'organizzazione dei servizi segreti deviati che - dopo averlo salvato dal pozzo inscenando la morte - ha deciso di rimettere a lavoro De Silva?
Se da una parte l'idea del vicequestore Calcaterra sembrerà non convincere affatto i suoi colleghi, dall'altra Lara si troverà ad aver nuovamente a che fare con Veronica: per concludere un indagine, l'attuale compagna di Domenico tenterà di convincere la sorella ad incastrare don Carmine Spinone (Adriano Chiaramida). Quest'ultimo, contemporaneamente alla richiesta di Lara, benedirà l'uscita dal carcere di Ettore Ragno (Fabrizio Nevola), un piccolo mafioso che con l'appoggio del boss vorrebbe allargare i suoi traffici, e gli agenti della Duomo si troveranno ed entrare in contatto sin da subito con i suoi fratelli Rachele (Francesca Valtorta) e Nicola (Pierluigi Corallo), rei di essersi macchiati - insieme ai cugini Saro (Ernesto D'Argenio) e Angelino (Carlo Calderone) - di una serie di azioni criminose volte a riconquistare il mandamento di Spinone.
Veronica, intanto, riceverà in carcere la visita di De Silva che - in nome di Crisalide - le offrirà gli arresti domiciliari in cambio di un "favore". La donna, che così facendo si troverà ad uscire dal carcere nel giro di poche ore, accetterà la proposta scoprendo che l'organizzazione SISMI vorrebbe il suo aiuto per far si che i Ragno possano completare la loro scalata al potere.
Intuendo il tipo di relazioni che stanno nascendo in carcere, Calcaterra deciderà di infiltrare lì uno dei suoi uomini e la scelta ricadrà su Sandro Pietrangeli (Giordano De Plano): l'agente - dopo un periodo passato in Svezia per curarsi - ha completamente risolto i suoi problemi di salute e potrà tornare così ad essere operativo sul campo. Nell'indagine verranno coinvolti però anche Vito Sciuto (Dino Abbrescia) e Francesca Leoni (Greta Scarano): il primo ritroverà la sua vecchia fiamma Carmela (Teresa Saponangelo) - madre di Angelino Ragno - mentre la seconda resterà impressionata da Marta (Emilia Verginelli), un attivista antimafia che troverà il coraggio di testimoniare contro Ettore Ragno.
Rosy, infine, col suo passato da leader mafioso potrebbe rappresentare un bacino di inesauribili informazioni alle quali qualcuno potrebbe essere interessato...
Dopo aver parlato per anni delle sfumature del potere mafioso (e delle attività ad esso collegate), la sesta stagione di Squadra Antimafia mostrerà dunque come le varie istituzioni dello Stato possano entrare in connessione con la mafia. L'organizzazione segreta Crisalide - che troverà largo spazio nelle nuove vicende del team capitanato da Domenico Calcaterra - darà modo di capire che cosa succede quando le forze dell'ordine, contravvenendo a ciò che è davvero il loro ruolo all'interno dello Stato, entrano in contatto con la criminalità fino a diventare loro complici. E questo cambio di direzione appassionerà i fan che, come più volte annunciato, a causa dell'uscita di scena di Giulia Michelini dovranno presto rinunciare a Rosy Abate...
